1、臭氧消毒的機理
臭氧殺菌機理以氧化作用破壞微生物膜的結構實現殺菌作用。臭氧首先作用于細胞膜，使膜構成成份受損傷而導致新陳代謝障礙，臭氧繼續滲透穿透膜而破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。而臭氧滅活病毒則認為氧化作用直接破壞其核糖核酸RNA或脫氧核糖核酸DNA物質而完成的。
臭氧水殺滅情況有些不同，其氧化反應有兩種，微生物菌體既與溶解水中的臭氧直接反應，又與臭氧分解生成之羥基OH的間接反應，由于羥基OH為極具氧化性的氧化劑，因此臭氧水的殺菌速度極快。

2、臭氧消毒的特點
1、高效性：臭氧消毒不需要其他任何輔助材料和添加劑。消毒進行時臭氧發生裝置產生一定量的臭氧，在相對密封的環境下，擴散均勻，包容性、通透性好，克服了紫外線殺菌存在的消毒死角的問題，達到全方位、快速、高效的消毒殺菌目的。另外，由于它的滅菌廣譜性，既可以殺滅細菌繁殖體、芽胞、病毒、真菌和原蟲孢體等多種微生物，還可以破壞肉毒桿菌和毒素及立克次氏體等，同時還具有很強的除霉、腥、臭等異味的功能。
2、高潔性：臭氧在環境中可自然分解為氧，這是臭氧作為消毒滅菌劑的獨特優點。臭氧利用空氣中的氧氣產生的，消毒氧化過程中，多余的氧原子（O）在30分鐘后又結合成為分子氧（O2），不存在任何殘留物質，解決了消毒劑消毒時，殘留物的二次污染問題，同時省去了消毒結束后的再次清潔。
3、方便性：臭氧殺菌設備一般安裝在室內或中央空調系統、空氣凈化系統中，或者是滅菌設備中（如臭氧消毒滅菌柜、傳遞窗等）。可根據滅菌所需濃度及時間，自動設置臭氧滅菌設備的定時控制，操作使用方便。而甲醛、環氧乙酸熏蒸消毒時間長，而臭氧消毒可以天天定時開啟使用。
4、經濟性：通過臭氧消毒滅菌在諸多制藥行業GMP中的應用，以及醫療衛生單位的使用及運行比較，臭氧消毒方法與其他方法相比具有很大的經濟效益和社會效益。